Pusat Penjaminan Mutu merupakan unsur pelaksana penjaminan mutu yang mempunyai tugas memberikan layanan penjaminan mutu berupa pendampingan jaminan mutu dan akreditasi program studi dan UNY; pendampingan jaminan mutu kelompok keilmuan/keahlian dan layanan manajemen yang baik di lingkungan UNY. Selain itu Pusat Penjaminan Mutu menyelenggarakan fungsi dalam hal:

1. pelaksanaan penyusunan rencana, program, dan anggaran Pusat Penjaminan Mutu UNY;
2. pelaksanaan penjaminan mutu UNY dalam pengembangan kualitas pendidikan nasional;
3. pelaksanaan program pengembangan mutu UNY dalam bidang kependidikan lingkup nasional dan global;
4. koordinasi pelaksanaan kegiatan penjaminan mutu dalam mewujudkan visi dan misi UNY;
5. pelaksanaan penjaminan mutu tridharma perguruan tinggi sesuai visi dan misi UNY baik tingkat nasional maupun internasional;
6. pemantauan dan evaluasi pelaksanaan kegiatan penjaminan mutu sesuai visi dan misi UNY; dan
7. pelaksanaan urusan administrasi Pusat Penjaminan Mutu.